A região era originalmente habitada pelos índios pataxós. O povoamento iniciou-se por volta de 1915, quando exploradores procedentes de Minas Gerais, descendo o rio Itanhém, estabeleceram-se próximo à foz do ribeirão Água Fria.

A fertilidade do solo e a disponibilidade de terrenos devolutos atraíram novas famílias que ali se fixaram, formando o povoado Água Fria. O arraial desenvolveu-se em função da agropecuária.

Em 1953, criou-se o distrito com o nome de Medeiros Neto, em homenagem a Antônio Medeiros Neto, chefe político nascido em Alcobaça. O município foi emancipado em 1958 e instalado em 1959.

Formação istrativa y4d28

Distrito criado com a denominação de Medeiros Neto (ex-povoado), pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, subordinado ao município de Alcobaça.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de Medeiros Neto, figura no município de Alcobaça.

Elevado à categoria de município com a denominação de Medeiros Neto, pela Lei Estadual n.º 1024, de 14-08-1958, desmembrado do município de Alcobaça. Sede no atual distrito de Medeiros Neto. Constituído de 3 distritos: Medeiros Neto, Itupeva e Nova Lídice, os dois primeiros desmembrados de Alcobaça o distrito de Nova Lídice (ex-povoado), criado pela mesma Lei Estadual acima citada, com terras desmembradas do distrito de Cachoeira do Mato pertencente ao município de Alcobaça. Instalado em 29-04-1959.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Medeiros Neto, Itupeva e Nova Lídice.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.